<div dir="ltr">Hello all,<br>I am faceing problem installing molpro2010 with the command <br>./configure -batch -gcc -ifort -mpp -auto-ga-tcgmsg-mpich2 -instroot /usr/local/molpro2010<br>its creating the CONFIG file without any error but when i am going to execute a command <br>
make install<br>it showing me an error given below<br>please help me <br>thanks in advance<br><br>Updating ../lib/libmolpro.a<br>ar -rS ../lib/libmolpro.a util/licence.o<br>make[2]: Leaving directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>
make[2]: Entering directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>make[3]: Entering directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>make[4]: Entering directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>link date: 25 May 2011 01:41:52 ; version: 2010.1<br>
SHA1 : 297cac099cefd7e93f9e8d4e83c3300f69c4946f<br>make[4]: Leaving directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>compiling molver.f90<br>make[3]: Leaving directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>linking ../bin/molpro.exe<br>
failed<br>/root/.molpro/Molpro/src/ga-install/lib/libga.a(farg.o): In function `f2c_getarg_':<br>farg.F:(.text+0x5): undefined reference to `_gfortran_getarg_i8'<br>/root/.molpro/Molpro/src/ga-install/lib/libga.a(farg.o): In function `f2c_iargc_':<br>
farg.F:(.text+0x13): undefined reference to `_gfortran_iargc'<br>make[2]: [../bin/molpro.exe] Error 1 (ignored)<br>failure<br>/root/.molpro/Molpro/src/ga-install/lib/libga.a(farg.o): In function `f2c_getarg_':<br>
farg.F:(.text+0x5): undefined reference to `_gfortran_getarg_i8'<br>/root/.molpro/Molpro/src/ga-install/lib/libga.a(farg.o): In function `f2c_iargc_':<br>farg.F:(.text+0x13): undefined reference to `_gfortran_iargc'<br>
make[2]: *** [../bin/molpro.exe] Error 1<br>make[2]: Leaving directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>make[1]: *** [default] Error 2<br>make[1]: Leaving directory `/root/.molpro/Molpro/src'<br>make: *** [src] Error 2<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 23, 2011 at 10:53 PM, Gregory Magoon <span dir="ltr"><<a href="mailto:gmagoon@mit.edu">gmagoon@mit.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
I was able to narrow this down to an issue with ATLAS. Andy, could you<br>
elaborate<br>
on your previous comments regarding Molpro not working with the<br>
unmodified ATLAS<br>
libraries? Is this a compile-time or run-time issue? If it is a<br>
run-time issue,<br>
would something like the procedure described below help address the issue I'm<br>
having? (I have taken this from the ATLAS documentation):<br>
<br>
"ATLAS does not provide a full lapack library.  However, there is a simple way<br>
to get ATLAS to provide its faster LAPACK routines to a full LAPACK library.<br>
ATLAS's internal routines are distinct from LAPACK's, so it is safe to compile<br>
ATLAS's LAPACK routines directly into a netlib-style LAPACK library.<br>
If you install LAPACK before ATLAS, this can be automated as described in<br>
ATLAS/INSTALL.txt.  The following describes adding netlib LAPACK to an<br>
already built ATLAS library:<br>
<br>
First, obtain the LAPACK src from netlib and build the LAPACK library as<br>
normal.  Then, in the lib/ subdirectory of your ATLAS build directory<br>
(where you should have a liblapack.a), issue the following commands:<br>
  mkdir tmp<br>
  cd tmp<br>
  ar x ../liblapack.a<br>
  cp <your LAPACK path & lib> ../liblapack.a<br>
  ar d ../liblapack.a lsame.o xerbla.o csrot.o zdrot.o<br>
  ar r ../liblapack.a *.o<br>
  cd ..<br>
  rm -rf tmp<br>
<br>
Just linking in ATLAS's liblapack.a first will not get you the best LAPACK<br>
performance, mainly because LAPACK's untuned ILAENV will be used instead<br>
of ATLAS's slightly tuned one."<br>
<br>
Thanks again,<br>
Greg<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
Quoting Gregory Magoon <<a href="mailto:gmagoon@mit.edu">gmagoon@mit.edu</a>>:<br>
<br>
> An update: although the original command you suggested didn't work,<br>
> as explained<br>
> in my earlier e-mail, I tried the same command with the -noblas and -nolapack<br>
> options that you proposed and the tests seem to be working properly:<br>
><br>
> ./configure -batch -gcc -gfortran -mpp -auto-ga-tcgmsg-mpich2 -instroot<br>
> /usr/local/molpro2010.1 -noblas -nolapack<br>
><br>
> So, it seems our ATLAS, BLAS and/or LAPACK libraries were causing the issue.<br>
> However, it is still not clear why. I had just installed these libraries as<br>
> Ubuntu packages:<br>
> sudo apt-get install libatlas-base-dev<br>
> sudo apt-get install liblapack-dev<br>
> Perhaps there is some critical step I omitted or these are not the correct<br>
> packages?<br>
><br>
> Thanks again,<br>
> Greg<br>
><br>
> user@kamet:~/Molpro$ ./configure -batch -gcc -gfortran -mpp<br>
> -auto-ga-tcgmsg-mpich2 -instroot /usr/local/molpro2010.1 -noblas -nolapack<br>
><br>
> machine type recognized as x86_64 (Generic 64-bit)<br>
> kernel recognized as Linux<br>
><br>
> user request compiler gfortran<br>
> GNU Fortran Compiler, Version 4.5.2<br>
> FC=/usr/bin/gfortran<br>
><br>
> user request compiler gcc<br>
> GNU Compiler Collection, Version 4.5.2<br>
> CC=/usr/bin/gcc<br>
><br>
> starting auto-build of prerequisites<br>
><br>
> building MPICH2 version 1.3.3rc1, each step could take a few minutes<br>
><br>
> ./configure --prefix=/home/user/Molpro/src/mpich2-install<br>
> --with-device=ch3:nemesis --with-pm=hydra --enable-f77 F77=/usr/bin/gfortran<br>
> --enable-fc FC=/usr/bin/gfortran --enable-cc CC=/usr/bin/gcc --enable-cxx<br>
> CXX=/usr/bin/g++<br>
> make<br>
> make install<br>
> MPICH2 built, if you want to test the MPICH2 build, please run:<br>
><br>
> cd /home/user/Molpro/src/mpich2-1.3.3rc1; make testing<br>
><br>
> building Global Arrays version 5-0-2, each step could take a few minutes<br>
><br>
> ./configure --prefix=/home/user/Molpro/src/ga-install --with-scalapack=no<br>
> --enable-f77 F77=/usr/bin/gfortran CC=/usr/bin/gcc CXX=/usr/bin/g++<br>
> --with-tcgmsg --with-mpi='/home/user/Molpro/src/mpich2-install/lib -lmpich<br>
> -lopa -lmpl -lrt -I/home/user/Molpro/src/mpich2-install/include'<br>
> make<br>
> make install<br>
> Global Arrays built, if you want to test the Global Arrays build, please run:<br>
><br>
> cd /home/user/Molpro/src/ga-5-0-2; make checkprogs; make check<br>
> MPIEXEC="/home/user/Molpro/src/mpich2-install/bin/mpiexec -np 4"<br>
><br>
> ./configure -batch "-gcc" "-gfortran" "-mpp" "-instroot"<br>
> "/usr/local/molpro2010.1" "-noblas" "-nolapack" -mppbase<br>
> /home/user/Molpro/src/ga-5-0-2<br>
><br>
> machine type recognized as x86_64 (Generic 64-bit)<br>
> kernel recognized as Linux<br>
><br>
> user request compiler gfortran<br>
> GNU Fortran Compiler, Version 4.5.2<br>
> FC=/usr/bin/gfortran<br>
><br>
> user request compiler gcc<br>
> GNU Compiler Collection, Version 4.5.2<br>
> CC=/usr/bin/gcc<br>
><br>
> ga_GA_MP_LIBS            = -lmpich -lopa -lmpl -lrt<br>
> ga_GA_MP_LDFLAGS         = -L/home/user/Molpro/src/mpich2-install/lib<br>
> ga_GA_MP_CPPFLAGS        = -I/home/user/Molpro/src/mpich2-install/include<br>
> ga_TARGET                = LINUX64<br>
> ga_MSG_COMMS             = TCGMSGMPI<br>
> ga_prefix                = /home/user/Molpro/src/ga-install<br>
> ga_ARMCI_NETWORK_LDFLAGS =<br>
> ga_ARMCI_NETWORK_LIBS    =<br>
> ga_BLAS_SIZE             = 4<br>
><br>
> Use MPP library - Global Arrays version 5 or higher<br>
> MPPLIB=-L/home/user/Molpro/src/ga-install/lib -lga -larmci<br>
><br>
> MPILIB=-L/home/user/Molpro/src/mpich2-install/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt<br>
><br>
> parallel=mpich2<br>
><br>
> parse-Linux-x86_64-i8.o is your object<br>
><br>
> CONFIG file created; proceed to compilation<br>
><br>
> Quoting Andy May <<a href="mailto:MayAJ1@cardiff.ac.uk">MayAJ1@cardiff.ac.uk</a>>:<br>
><br>
>> Greg,<br>
>><br>
>> I can't seem to replicate this problem using options as close as<br>
>> possible to yours.<br>
>><br>
>> One thing I have noticed is that linking only the routines that come<br>
>> with ATLAS does not work anymore with Molpro. I have fixed this, and<br>
>> there will be an update sometime in the future, but this leads me to<br>
>> conclude the -lapack you are using is either a supplemented ATLAS<br>
>> library, or a system one.<br>
>><br>
>> I don't think the BLAS/LAPACK will be the problem, but perhaps<br>
>> configure has not correctly determined the integer size in these<br>
>> libraries, you can always try using Molpro internal ones with<br>
>> -noblas -nolapack options.<br>
>><br>
>> There may be problems with the MPICH2 version which ships with<br>
>> Ubuntu, certainly there were problems with hydra around 1.3.1, but<br>
>> if you say that ifort works then maybe it's okay. To eliminate this<br>
>> I would suggest to use a newer version (no need to do this by hand,<br>
>> see below).<br>
>><br>
>> Also, we are now at PL21 (there is a new tarball).<br>
>><br>
>> Can I therefore suggest you first try the following with 2010.1.21:<br>
>><br>
>> ./configure -batch -gcc -gfortran -mpp -auto-ga-tcgmsg-mpich2<br>
>> -instroot /usr/local/molpro2010.1<br>
>><br>
>> and see if this then gives you a working build.<br>
>><br>
>> Best wishes,<br>
>><br>
>> Andy<br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Molpro-user mailing list<br>
<a href="mailto:Molpro-user@molpro.net">Molpro-user@molpro.net</a><br>
<a href="http://www.molpro.net/mailman/listinfo/molpro-user" target="_blank">http://www.molpro.net/mailman/listinfo/molpro-user</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thanks & Regards<br>Chanchal Kumar Haldar<br>B.E (Electronics and Telecommunication)<br>Linux System Administrator.<br>
</div>