<div dir="ltr"><div><div><div>Hello Users,<br><br></div>One simple possibility is to check nuclear repulsion energy to satisfy if two geometries are the same.<br><br></div>There is another nice way to check if two structures (with same atoms and the order in which they are listed is same) with different xyz data are same. This comes from an elegant algorithm known as Kabsch algorithm - for details of how it works see - <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Kabsch_algorithm">https://en.wikipedia.org/wiki/Kabsch_algorithm</a><br><br></div>It calculates an RMSD between two structures. For the case here, using the calculate_rmsd program from github, download it from<br><a href="https://raw.githubusercontent.com/charnley/rmsd/master/rmsd/calculate_rmsd.py">https://raw.githubusercontent.com/charnley/rmsd/master/rmsd/calculate_rmsd.py</a><br><div><br>sham@shree:~/junk$ ./calculate_rmsd.py <a href="http://a.xyz">a.xyz</a> <a href="http://b.xyz">b.xyz</a> <br>Normal RMSD: 0.305543115084<br>Kabsch RMSD: 7.14474667163e-06<br>Quater RMSD: 7.14474667163e-06<br><br></div><div>Showing that two structures are indeed the same.<br></div><div><br></div><div>-Sham<br></div><div><div><div><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>